台灣所處的情勢非常複雜，內政、外交與大陸政策更是交互影響，不容大意。特別是與大陸關係的調整，更是一項影響深遠的歷史性工作。 台灣的政治改革，不僅是內政問題，同時也要兼顧大陸政策的調整，與台灣在國際社會的存在發展。因此，我最重視的問題是台灣的存在，與國際地位的提升。
長期以來，由於「動員戡亂時期」臨時條款的施行，使中華民國政府不能依循正常的憲政制度來運作。中華民國憲法於一九四七年公布，但施行不到一年，就被臨時條款所取代。臨時條款明定，共產黨為叛亂團體，為了戡亂，就必須凍結憲法，施行動員戡亂時期臨時條款。
我就任總統之後，首先的工作便是修正「動員戡亂時期」臨時條款，使憲法恢復正常運作。為此，我們不但要從內政著手，同時也必須調整與大陸之間的關係。而與大陸的關係一調整，外交政策也要隨之改變。內政、兩岸與外交等三方面的問題，務須兼籌並顧，維持均衡。
只要任何一方面有所疏失，都將對台灣的發展造成重大影響。 台灣政治權力的配置也是一個重大問題。長期享有政治權力的統治階級，不願把權力交給台灣人，反而想盡辦法繼續維持既有權力。因此，我們對外必須與中共周旋，對內也必須面對既得利益者的抗爭，不論對內、對外都必須善加處理，不容稍有失誤。也就是說，我們必須一方面突破舊勢力的牽制，一方面與中共和睦相處。不如此就無法追求台灣的生存與發展。
就我記憶所及，我們與中共調整關係之初，出乎意料地順利。在中共國家主席楊尚昆先生下台，鄧小平尚有影響力時，關係還很好。但中共領導當局繼任之後，兩岸關係立即變得非常複雜。
兩岸關係的複雜化，與中共領導當局權力基礎的不穩固有關。中共領導當局為了鞏固自己的地位，必須向軍方低頭，在對外政策上採取較為強硬的態度。
但如此一來，就使兩岸關係變得愈來愈複雜。 台灣與大陸的關係，由於我們的主動與善意，曾有良好的起步。但是，中共內政的不安，使兩岸關係平添波折。而台灣內部，在對外關係的拓展上，仍有「漢賊不兩立」的主張。任何一個國家只要與中共建交，台灣就立即與之斷交，使我們的外交活動空間愈來愈狹小。
長此以往，台灣必然無法繼續存在。如果無法存在，則任何事物都變得毫無意義。存在本身就是價值，只要能存在，就有希望。因此，追求台灣的存在與發展便成為我的首要工作。
當然，如果因為意識型態和權力配置的紛爭，使台灣社會陷入混亂，甚至危及生存，也是非常危險的事。
為了使台海維持安定，降低戰爭發生的可能性，我也以動員戡亂時期臨時條款廢止，和兩岸敵對狀態的結束，呼籲中共善意回應。希望台灣人民可以自由往來大陸，到大陸旅行、投資、從事各項交流。
但是，遺憾的是，因為中共一直沒有具體的承諾和保證，使三通至今未能實現。而為了使台商的對大陸投資，不致影響台灣經濟發展，我也呼籲國人「戒急用忍」。
因為，對大陸投資仍有相當高的風險。台商在大陸的投資，也有許多虧損的實例。所謂的「戒急用忍」，即提醒台商要小心謹慎，避免無謂的損失。而對於適當的投資，我們仍會予以核准。
我們就這樣一步一步的向前推進。每當外交與兩岸關係推進一步，內政也會向前邁進一步。為了台灣的政治改革，我們進行了三階段的憲法修訂，以此奠定了民主改革的基礎。而每一次的憲政改革，都進一步落實了台灣的本土化，也增強了台灣的認同。
在進行內政改革的同時，台灣的外交政策也有了重大變革。如果能發揮功效，最後也必然能帶動中共態度的轉變。如前所述，兩岸關係能發展到「特殊的國與國關係」，我認為是一大成功。其實這也是中共必須務實面對的事實。
然而，我們對「特殊的國與國關係」的具體內涵，一直未作充分的說明。事實上，台灣已經邀請世界各國知名的國際法學者進行研究，賦予「特殊的國與國關係」理論基礎，但因為沒有公開宣布的良好機會，因此一直未對外說明，只要時機一到，我們必會迅速知會日本與美國等相關國家。在此之前，我們應當摒棄成見，務實來面對此一問題。
△ 日本有國旗、國歌的問題，台灣也有國旗問題。
對於「特殊的國與國關係」，美國有非常強烈的反應。一是發表此說之前，為何不事先知會？二是認為發表的時機不恰當。我在日本有許多非常親近的朋友，其中一位曾任首相的朋友也說「時機不好」。他認為，提出這個主張的時機不對。
我則反問：「何時是最好的時機？」其實，此一問題沒有所謂的好時機，要論時機的好壞，只能看結果而定。 去（一九九九）年底，美國在台協會理事主席卜睿哲來台時，對此已不再多談，似是已能瞭解我們的作法。最不可理喻的，是美國某位高層官員，到總統官邸訪問時，竟當面質問我，似乎是怪我為何做了這樣的事。 在那段期間，陸續有美國參眾兩院的團體來訪，我都向他們說明：台灣如何達成民主化？台灣的安全是什麼？台灣的戰略重要性與對民主國家的意義，以及「特殊國與國關係」的意涵。 在多次口頭說明，以及相關書面資料的補充之後，美國似乎也已能了解我們的主張。很顯然的，「了解台灣」的輿論與潮流正逐漸成形。
台灣的國立大學在與大陸的大學交流時，產生了一個問題。 在台灣，「國立○○大學」，是慣用的名詞。但所謂國立，即指「中華民國國立」，因此中共會要求取消「國立」兩個字。現在，台灣的大學都已妥協，會在交流時，取消「國立」兩字。這也是台灣所面對的問題之一，以致我們不能強調自己的認同。兩岸之間類此的問題還很多，更使兩岸關係的發展困難重重，要解決恐怕還需要一段時間。大陸來台參加會議或考察的人，只要看到會議桌上放有中華民國國旗，就會要求拿開。台灣人通常會妥協，但一妥協，又會引起其他人的反彈。日本在國旗問題上有諸多意見紛歧，在台灣，國旗、國歌的問題更為嚴重。 我們為何主張兩岸關係必須是「特殊的國與國關係」，由上述的實例就不難理解。如果情勢不變，台灣將無法擁有自由的生存空間。
過去有長達四十年的時間，兩岸完全沒有來往，因此許多問題也沒有表面化。一旦交流開展，這些問題就不可避免的出現了。